Con el nombre de Colegio del Espíritu Santo, mediante una escritura fechada el 15 de abril de 1587, se fundó en el siglo 16 lo que en nuestros días es la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP), patrocinada en sus inicios por don Melchor de Covarrubias.
El Colegio del Espíritu Santo fue el foco del humanismo y de la ciencia en la región centro oriente de la entonces Nueva España.
Sus aulas recibieron a destacados hombres de letras y humanidades como Carlos de Sigüenza y Góngora, Antonio del Rincón, Francisco Javier Solchaga, Diego José Abad, Francisco Javier Alegre y Francisco Javier Clavijero.
La Rectoría de la BUAP aún ocupa el inmueble del antiguo Colegio del Espíritu Santo. Se ubica al lado del edificio conocido como Carolino en la calle 4 sur y avenida Palafox y Mendoza del Centro Histórico de Puebla.
El Colegio del Espíritu Santo fue fundado por la Orden de la Compañía de Jesús, fundada por el vasco Ignacio de Loyola y cuyos miembros llegaron a México en 1572.
La primera posada jesuita se estableció en Puebla en 1578 y un año después iniciaron su labor docente con 18 alumnos. Para 1581 fundaron el Colegio del Espíritu Santo.
El Colegio del Espíritu Santo se ocupó en un principio de la educación básica, que incluía la gramática ínfima (rudimentos de latín), la media (conocimientos generales de latín) y la suprema (redacción epistolar en latín), además de humanidades y retórica.
Todo esto aprendían los pupilos de la Compañía de Jesús entre los 12 y los 16 años de edad mientras los alumnos más listos, o más ricos, ingresaban al cercano Colegio de San Ildefonso, ubicado en la actual avenida de Reforma número 711, donde cursaban los estudios mayores, es decir, filosofía, teología y derecho canónico.
Los jesuitas mantuvieron mantuvieron la operación de sus aulas hasta 1767, cuando la orden fue expulsada de los dominios españoles por el rey Carlos III.
Las tres casas que constituían al Colegio Carolino, llamado así en honor al nombre del monarca español, fueron destinadas a una escuela pública de primeras letras, a la enseñanza del castellano y la doctrina cristiana y civil, y a una escuela de niñas.
El complejo tomó en 1771 la denominación de Colegio Carolino y en 1791 se fusionaron los colegios.
En 1825, la institución educativa pasó a manos del gobierno estatal por decisión del Congreso del Estado.
La constitución legal de la Universidad de Puebla se dio el 14 de abril de 1937 a iniciativa del gobernador Maximino Ávila Camacho, y el primer rector fue Manuel Sergio Santillana Márquez.
En 1956 la Universidad adquirió su autonomía con el derecho de elegir sus autoridades, administrar sus bienes y a su personal.
La BUAP como se conoce actualmente obtuvo su autonomía tras el movimiento de reforma universitaria de 1961.
De acuerdo historiadores, la reforma universitaria de 1961 no fue un movimiento estudiantil, sino universitario y social, pues involucró a grandes sectores de la población: el 4 de junio la jerarquía católica pudo congregar en contra de los “comunistas” a más de 100 mil fieles, procedentes del interior del estado, la ciudad y la República Mexicana.
El 24 julio de 1961 se estableció una Ley Orgánica que garantizó libertad de expresión y reunión de los estudiantes, desapareció al Consejo de Honor e instauró un Consejo de Gobierno, pero si bien cumplía con la expectativa del movimiento liberal, suceden grandes protestas y esta ley se deroga.
Así, los frutos de la lucha iniciada el 17 de abril de 1961 se darían luego de casi tres años de conflicto, el 21 de febrero de 1963, cuando el Congreso local aprobó la esperada Ley Orgánica.
El movimiento de Reforma Universitaria que inició en 1961 y culminó en 1963 dio pie a una modernización política y de la enseñanza de las ciencias sociales y las humanidades; así también a una institución más comprometida con la sociedad y sus problemas.