La Santa Inquisición o mejor conocida como el Santo Oficio, fue una de las instituciones eclesiásticas más polémicas de la época Virreinal.
Ésta se dedicó a perseguir y condenar la herejía y otras ofensas religiosas con el fin de preservar las buenas costumbres.
Según los registros del Archivo General de la Nación (AGN), la Inquisición en México se caracterizó por los excesos de los primeros inquisidores, quienes llevaron a cabo la destrucción de lo poco que quedaba de las culturas indígenas de México, además de mandar a la hoguera a aquellos que aún practicaban ofrendas a sus dioses.
De hecho se sabe que el primer inquisidor de la nueva España fue Fray Juan de Zumárraga, quien mandó a quemar vivo al nieto del rey Nezahualcóyotl.
A través del fondo documental de Edictos de la Inquisición que se resguardan en el AGN, sabemos que algunas de las prácticas o pensamientos que fueron perseguidos por los inquisidores, fueron el culto a otras religiones, la hechicería, la blasfemia y proferir públicamente improperios sexuales.
De acuerdo con varios cronistas poblanos, la Santa Inquisición se estableció en Puebla en 1559, en el edificio de la 3 poniente 141, antigua calle de Herreros.
Este edificio estuvo a cargo de los monjes dominicos, y después recibió el nombre de edificio Montoto por sus últimos propietarios, los cuales fueron los responsables de su destrucción.
Su destrucción ocurrió en 1968, argumentando que estaba en ruinas, y en 1969 se solicitó se reconstruyera la fachada, que es lo que vemos hoy.
En el libro El Santo Oficio de la Inquisición en Puebla de Jesús Rojas Muñoz, se relata que en 1648 fueron quemados dos herejes judaizantes: un mulato que cometió delito con una mujer y un homicida.
De acuerdo con el autor del libro, el edificio y los calabozos del Santo Oficio en Puebla estaban en la parte posterior de la Iglesia de Santo Domingo, donde después se construyó el Mercado de la Victoria.
Actualmente en la ciudad, aún existen pruebas de que el tribunal del Santo Oficio ejerció sus castigos contra aquellos que desobedecían.
Por ejemplo, en el Templo de la Compañía de Jesús se observa una placa de talavera que cuenta: en el arco principal de esta fachada, estuvo colgada por orden de la inquisición la cabeza de Don Antonio de Benavidez (El Tapado), falso visitador de España, ejecutado el 12 de Julio de 1684.
Además se sabe que por órdenes de esta institución eclesiástica y judicial, se prohibió la reproducción de los retratos o cierta adoración hacia Catarina de San Juan, mejor conocida como "La china poblana", ya que en ese entonces tenía fama de santa.
El Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición en la Nueva España llegó a su fin durante los últimos años del Virreinato.
Esta disolución formó parte del movimiento liberal gaditano que determinó el 22 de febrero de 1813 abolir el Tribunal del Santo Oficio tanto en España como de las colonias de América, aunque en México tuvo su última sesión en 1820.
